四川花椒苗基地管理期间，病虫害防治还是比较重要的，由于花椒锈病发生在全国半数以上的省(区）市，在甘肃的陇南地区和陕西的关中东部地区呈流行趋势，给花椒生产带来较大的损失。

       该病危害花椒苗的栽培，野生花椒主要有秦椒、风椒、蜀椒、川椒、大红袍、油椒、豆椒、白椒、秦安一号（也称串串椒，是甘肃省秦安县培育的优良品种）、野花椒（也称皮氏花椒、大金花椒、小叶花椒）、竹叶花椒（又称狗椒）等。

       在花椒苗基地，花椒果实生长期，由于病叶大量脱落，严重影响花椒的产量和品质，根据甘肃省陇南市武都区、文县的调查显示，四川花椒苗的发病株率一般在 30%～60%，重病区可达80%～90%。